组织作为管理项目的工具一直备受工程界关注，单一项目的组织通常采用简单的职能型、矩阵型，甚至在流程化、标准化程度很高的工程项目中线性组织也发挥着高效的管理能力。然而由于项目群具有多层次接口、多目标体系和复杂的社会网络关系，简单的组织设计已经很难满足项目的管理控制力度，因此项目群的组织往往是多维的，是简单组织形式的叠加和组合。
某些大型复杂项目群的组织由于参与方的众多和组织结构的庞大，甚至具有一般组织所没有的多属性特征，包括自组织性、自适应和动态性等复杂性特征；外部社会性影响和内部社会性非正式关系的社会性/网络性特征；基于同一目标的复杂组织的协同性特征；对内外部环境的动态适应性特征；多重目标、异质要素、多维属性等的集成性特征。
区别于一般工程项目的组织，项目群的组织有可能采用图18-4-3所示的多维体系组成。
图18-4-3大型复杂项目群多维结构组织系统示意图
除此之外，多项目的参与方所带来的社会关系将成为整个项目非正式组织的重点。纷繁复杂的参与方是项目群组织区别于单一项目组织的一大特点，依照嵌入性理论，构建一个使各方都互信互助的组织平台，处理好不同社会网络间的关系，是项目群组织面临的一大难题。这就需要项目群组织的领导者关注中心性程度高的项目参与方，避免信息的不对称和利益失衡，同时注重建立统一的项目文化，强调项目利益高于一切，以组织引领项目组织成员顺利完成工作任务。
